根據國務院的議案和全國人大的決定，重慶直轄市管轄原重慶市、萬縣市、涪陵市和黔江地區，下轄４３個區市縣。

重慶設立直轄市後到１９９８年底，全市共轄１３個區：萬州區、涪陵區、渝中區、大渡口區、江北區、沙坪壩區、九龍坡區、南岸區、北碚區、萬盛區、雙橋區、渝北區、巴南區；４個縣級市：江津市、合川市、永川市、南川市；２３個縣：長壽縣、綦江縣、潼南縣、銅梁縣、大足縣、榮昌縣、璧山縣、開縣、忠縣、梁平縣、雲陽縣、奉節縣、巫山縣、巫溪縣、城口縣、墊江縣、武隆縣、豐都縣、黔江土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。

    在管理體制上，另設有萬州、黔江兩個開發區黨工委和管委會，萬州開發區管轄萬州區和開縣、忠縣、雲陽縣、奉節縣、巫山縣、巫溪縣６個縣；黔江開發區管轄黔江、石柱、彭水、酉陽、秀山等５個少數民族自治縣。

    １９９８年末，重慶市共有６４８個鎮、８２９個鄉、８８個街道辦事處。

    重慶直轄市簡稱"渝"，在全國３４個省、自治區、直轄市行政區劃排列順序中，列海南省之後、四川省之前，排第２２位。