武當山氣候溫和，雨量適中，使武當山的動植物資源豐富，品種繁多。據初步考察統計，已知全山現有植物758種，鳥類130種，獸類49種，昆蟲1055種，有許
 
　　多動植物是國家一、二、三級保護對象。金錢豹、獼猴、豺、水獺、金貓、大靈貓、小靈貓、青鼬、林麝、鬣羚、班羚、雀鷂、普通鵟、燕隼、紅巢、領鵂鹠、灰林鸮、長耳鸮、白冠長尾雉、紅腹錦雞、勺雞、鳳頭鷹、大鯢等被列為國家一二級保護動物。水杉、珙桐被列為國家一級重點保護樹種；銀杏、香果樹、篦子三尖杉、金錢松、山白樹、榧樹、水青樹、杜仲、胡桃、鵝掌楸等被列為國家二級重點保護樹種，其中，南岩老虎岩前的一株銀杏樹，胸徑1.35米，高約20米，樹齡約600年以上，被譽為“武當銀杏之王”。天竺桂、華榛、金錢槭、領春木、天目木蘭、蝟突、天目木姜子、厚樸、青檀、白辛樹、紫莖、楠木、紅椿、核桃楸、豆腐柴、刺五加等被列為國家三級重點保護樹種。

　　武當山藥用植物極為豐富。明代著名醫學家李時珍著的《本草綱目》記載的1800多種草藥中，武當山有400多種，故武當山被譽為“天然藥庫”。據1985年藥用植物普查，全山藥材有617種，較名貴的有天麻、七葉一枝花、絞股藍、何首烏、靈芝、黃連、天竺桂、千年艾、巴戟天等。其中，武當山絞股藍皂甙含量為人參的三倍，被譽為南方人參，是廣泛用於抗癌藥物；武當山的盾葉薯蕷，俗名黃姜、火頭根，其單株皂甙元含量為16.15%，居全國之首、世界之冠（有關武當中草藥知識在本書《武當知識拾零·武當中草藥》中有所介紹）。