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原國立中央研究院(1928年6月-1949年4月)是民國最高學術研究機構，直隸于國民政府。其任務主要有二方面：一是實行科學研究；二是指導、聯絡、獎勵學術研究。設有特任級院長一人，其下設行政、研究、評議三機構。
1928年6月中央研究院成立後，陸續按學科分科設置各研究所，到1937年抗戰發生時為止，已設立物理、化學、工程、地質、天文、氣象、歷史語言、心理、社會科學及動植物等十個研究所。理、化、工三研究所設在上海，其餘各所均設于南京，並在南京成賢街舊法制局內設立總辦事處(北極閣新址落成後，辦事處遷往新址辦公)，以辦理全院一般行政事宜。抗戰期間，中央研究院各研究所分設于重慶、北碚、李莊、昆明四區。抗戰勝利後，數學研究所籌備處、物理研究所、化學研究所、動物研究所、植物研究所、醫學研究所籌備處、工學研究所、心理學研究所等八單位，暫設于上海，總辦事處及天文、地質、氣象、歷史語言、社會科學等五研究所，共六單位，設于南京。
中央研究院設院長一人，綜理全院行政事宜一人，承院長之命，處理全院行政事宜。研究所設所長務，並指導研究事宜。綜理所中央研究院的首任院長是蔡元培，繼任院長為朱家驊。總幹事先後為楊杏佛、丁文江、朱家驊、任鴻雋、傅斯年、葉企孫、李書華、薩本棟和錢臨照。
中央研究院設有學術評議會，為民國最高學術評議機構。1935年6月19日，成立第一屆評議會。1948年4月1日，中央研究院第二屆評議會第五屆年會選舉產生第一屆院士81人，其中數理組院士28人，生物組院士25人，人文組院士28人。
1948年12月，中央研究院開始向台灣搬遷。除總辦事處、數學以及歷史語言研究所較完整地遷臺外，其餘各研究所大都留在南京和上海。在中央研究院81名院士中，遷至台灣的僅有淩鴻勳、林可勝、傅斯年、董作賓、李濟、王世傑、吳稚暉7人，在國外的有陳省身、李書華、趙元任、汪敬熙、胡適、吳大猷等12人，其餘五十余人(除薩本棟等人去世外)均留在了大陸。1949年10月，中央研究院留在大陸的各機構都被中國科學院接收。
北京東路39號(原雞鳴寺路1號)是中央研究院總辦事處以及地質研究所、歷史語言研究所和社會科學研究所所在地。
中央研究院總辦事處：現為中國科學院江蘇分院、江蘇省科學技術委員會、中共江蘇省科學技術工作委員會所在地。
總辦事處大樓坐北朝南，是一座倣明清宮殿式的建築。大門兩側及圍墻東側共建有三座方形攢尖頂警衛室，其風格與大樓一致。大樓建於1947年，由基泰工程司楊廷寶建築師設計，新金記康號營造廠建造。大樓高三層，建築面積3000平方米，鋼筋混凝土結構，單檐歇山頂，屋面覆蓋綠色琉璃筒瓦，梁枋和檐口部分均倣木結構，漆以彩繪，清水磚墻，花格門窗，建築外形具有濃郁的民族風格。
大樓建築平面呈"T"字形，入口處建有二層門廊及裝飾門套，經過穿堂來到後面突出部分，便是一座三層書庫；前樓西側建有小型演講廳，為學術活動場所；前樓中間部分採用內廊式佈置，內廊南北兩側為辦公、科研用房。
地質研究所,位於中央研究院總辦事處大樓的西北方，現為中國科學院南京地質、古生物研究所和古生物陳列室所在地。
地質研究所大樓門朝東南，是一座倣明清宮殿式建築。樓前有兩層石階，石階之間有一座休息小平臺，石階上部為一大平臺，大樓就建在這個大平臺上。大樓由基泰工程司建築師楊廷寶設計，朱森記營造廠承建。大樓建於1931年，依山而建，高二層，鋼筋混凝土結構，建築面積約一千平方米，建築平面呈"凸"字形。單檐歇山頂，屋面覆蓋綠色琉璃瓦，梁枋及檐口部分為倣木結構，漆以彩繪。大樓前部，建有一座亭式門廊，兩側有欄杆，門廊雕梁畫棟。一樓中部設有地質標本陳列室，其餘為製作、資料、科研、辦公用房。在大樓東南角地下室內，建有鍋爐房。1932-1937年李四光曾在此主持工作。1951-1953年李四光曾擔任該所所長。
歷史語言研究所：位於中央研究院大院內總辦事處大樓的正北面，現為中國科學院南京地質、古生物研究所。
大樓為倣明清宮殿式建築，由基泰工程司建築師楊廷寶設計，六合營造廠承建。大樓建於1936年，高三層，鋼筋混凝土結構，建築面積1700平方米。建築平面呈長方形，單檐歇山頂，屋面覆蓋綠色琉璃瓦，外墻上部為清水青磚墻，下部採用水泥倣假石粉刷。大樓2El'刁朝南，入口處建有一座倣木結構的單層門廊。在大樓的東西兩側，各辟有一個側門。大樓兩端為閱覽室和小型書庫，其餘部分為辦公、研究用房。
社會科學研究所：位於中央研究院總辦事處大樓的東北面，現為中科院南京地質、古生物研究所辦公樓。大樓建於1931年，高三層，人字頂，紅磚墻，坐北朝南，西南角有蔡元培先生題寫的奠基碑。
1993年，中央研究院建築群被列為南京市文物保護單位。
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