臺軍最初共設有18支特種作戰部隊，但後採遭到裁撤，特種部隊只剩下3支，即除了台灣警方維持治安的特勤隊之外的陸軍空降特勤隊、海軍陸戰隊特勤隊、憲兵特勤隊3支特種作戰部隊，其代號分別為“涼山特勤隊”、“黑衣特勤隊”和“夜鷹部隊”。

    3支特種部隊在平時主要擔負“反劫持、反暴亂、反破壞、反滲透”等反恐特種勤務，在戰時則進行“空降、滲透、襲擾、爆炸、破壞、捕俘”等特種作戰任務。其中，空降特勤隊主要是以空降方式滲透到對方縱深，執行滲透、突擊、破壞與偵察等任務，以及配合其他部隊的撤退或突擊。此外，還要擔負陸軍特戰任務及防範重大突發事件。

    臺海軍陸戰隊特勤隊又分為“天威”部隊、“海龍”蛙人部隊和兩柄偵察大隊等，主要執行在外島打擊恐怖主義和走私活動，以及戰前滲透到對方戰區獲取情報，對敵方要目標進行滲透攻擊等任務。同時，也負責台灣南部地區的特勤任務以及台灣海域反劫船任務，另外也要奉命執行陸戰隊特戰任務及應對重大突發事件。“海龍”蛙人部隊，主要負責金門、馬祖、東引及澎湖地區的特勤任務，同時也執行海上巡邏、查緝走私、偷渡、離島運輸補給等特戰任務。

    憲兵“夜鷹特勤隊”的主要職責為維護社會治安，由“國防部”直接命令支援其他警務人員無法完成的任務，如對偏遠山區的非法武器、毒品倉庫或工廠進行搜查，對重大劫持案件進行快速反應等。此外，該部隊還負責台灣北部反恐任務，保護機場與核電廠安全及防範重大突發事件。

    除上述任務外，臺軍特種部隊往往還要承接一些“國際交流”活動，如為“駐外單位”提供安全支援，代訓“友好邦交國”部隊，與其他國家或地區的特種部隊進行交流等。但由於屢遭裁撤，作戰能力已明顯不足。

    “精進案”後，臺軍特種作戰部隊重新擴編，總兵力達5000-7000人，數量約佔臺正規軍的1％，具備陸海空、遠中近特種作戰能力。根據台灣的地理環境和作戰任務，臺軍共編組了16支特種部隊，包括3支“甲種特勤隊”——空降特勤隊、陸戰隊特勤隊、憲兵特勤隊，海、陸、空三軍部隊的“乙種特戰單位”和警方的特勤隊。臺空軍編有航空特種作戰司令部、空降特種作戰部隊訓練中心各1個；海軍編有兩棲偵察搜索大隊、三棲水下爆破大隊、海軍陸戰特勤隊各1個；陸軍編有1個3000人的特種作戰旅，下轄3個特戰營(乙型基幹特戰營、基幹特戰營、特戰支援營)，旅直屬通信連、搜索連、工兵排、憲兵班等。

    臺軍特種作戰部隊在平時實施統一集中指揮，戰時隸屬戰區司令部指揮並接受聯合特種作戰司令部領導，駐金門、馬祖等外島的特種作戰分隊隸屬於“防衛部”。在實施反空襲、反封鎖和反登陸作戰之前，特種作戰部隊通常編成若干個特種小隊，搭乘直升機或艦艇滲入對方沿岸或淺近縱深執行破襲任務，駐守金門、馬祖等外島的兩棲偵察營有時編成數個特種作戰組，于戰前或戰中秘密抵達對方沿岸遂行滲透騷擾及情報偵察等任務，根據作戰的規模、性質、任務和環境，臨時組建與之相適應的不同規模的作戰單元。

    臺軍認為，特種作戰編組應遵循“小而精、功能全”的原則，根據任務靈活組織，以便於機動和隱蔽行動企圖，使敵方防不勝防，既適應特種作戰的需要，又在作戰中充滿活力。在臺軍新一輪的軍事改革中，一項重要內容就是調整軍隊的組織結構，向小型、精幹、靈活、高效、多能的方向發展，這種編組將更有利於特種部隊與常規部隊的配合使用。（軍事文摘）