據台灣東森新聞報道，對於沈世籍遭到撤換，臺當局“國防部”對外一律表示，由於沈世籍已任“局長”三年，這次的人事調整是依規定辦理，希望外界不要有過多的臆測。

　　但據《壹週刊》的報道指出，沈世籍會遭到撤換的原因，是在年初的一場由陳水扁召開的項目會議上，當時沈世籍沒有向許惠佑報告，就把獲得的情資提出，以博取陳水扁的信任，此舉讓許惠佑相當不快。

　　當“軍情局”對某事件情資掌握不足時，就讓許惠佑抓到機會，在與臺“行政院副院長”邱義仁和“國防部長”蔡明憲討論過後，就建請陳水扁把沈世籍撤換掉。