台灣《中國時報》發表社論指出，“最高法院”駁回了檢方上訴，馬英九的特別費案三審無罪定讞，“司法”還給台灣一個可以清白上任的“總統”。馬英九沉冤得雪，特別費案的歷史共業，卻並未就此了結。接下來，該做些什麼事，可以“最高法院”的判決書為討論起點。

　　社論指出，“最高法院”雖然接受二審法院的無罪判決，但指出一項重要的不同。“最高法院”拒絕承認行政機關就特別費半數以領據核銷，將之認為實質補貼的實務作法，是具有規範效力的行政習慣法或行政慣例，因為此種實務作法與既有的成文規範相抵觸，不能優於成文規範而為適用。馬英九所以無罪，是因為他主觀上並無將特別費納為自己不法所有之意圖，客觀上亦無施用詐術的行為，所領之特別費也已全數因公支出而用罄，並無不法所得，貪污背信諸罪均不能成立。簡言之，依“最高法院”的見解，特別費以領據核銷的的半數，屬首長所有，但帶著必須“因公支出”的負擔，“首長”是否有罪，應視個案是否全數因公支出，有無不法所有之意圖而定；至於檢具核銷的半數，全文判決有罪同告定讞，以他人不實之單據報銷，雖然總數吻合，也構成犯罪。

　　此項判決之後，“法務部”還有檢察機關，能做什麼？該做什麼？新的“部長”還未到任，已有“法務部”人員聲言“最高法院”的判決並不拘束檢方，這種視“司法”如無物的態度，必須嚴予譴責！

　　檢察機關隸屬於“法務部”，“法務部”不該忘記，馬英九的特別費案，馬英九是當事人，檢察機關也是當事人。“最高法院”的裁判不拘束當事人，拘束誰？“最高法院”宣示裁判，墨瀋未幹，“法務部”縱算並不衷心認同其見解，也不該立即抗顏表不遵，檢察機關的長官部會眼中無“最高法院”一至於此，該不該整飭紀律，端正一下法治風氣？特別費案從一審到二審到三審，對於檢方辦案品質的粗劣，一再有所指責，尤其是檢察官在偵查中以不實之筆錄入人于罪的部分，明斥其非；而法務部門不但視若無睹，現在連“最高法院”做成裁判也毫無虛心採納的跡象，可謂是法治“國家”執政部門極其惡劣的示範。不能正己，焉能正人？馬英九的官司已了，呂秀蓮的官司也出現類似的質疑，辦案檢察官的劣行劣跡，所屬機關不能不依法交代其應負的法律責任。

　　社論說，“最高法院”揭示了態度，法律見解平實嚴謹；檢察機關辦理特別費案，個別檢察各行其事，出罪入罪之間天差地別，端視當事人落入何人之手的運氣而定。呂秀蓮在特別費案的審判過程中問得好：台灣涉案“首長”如此之多，選擇起訴二、三人的標準在哪？為什麼檢方沒有統一的法律見解？她以國民黨人造成的共業不該由民進黨人負責的理由自辯，陷入政黨情結固不足取，然而特別費案的政治著眼或過明顯，不正是社會的共同質疑？檢方早該、早可統一見解而不為，現在“最高法院”做成了判決，還要繼續任令個別檢察官恣意行事，繼續踐踏檢察機關跌至谷底的執法信用？

　　看到“最高法院”的判決，“立法院”該做什麼？能做什麼？數以千計的政府人員因為特別費案件爭議的政治紛爭而陷入“司法”泥淖，“立法院”為了日後避免類似的問題繼續困擾政務“首”長，難道不該循“立法”手段一次解決問題？特別費缺乏法律仔細加以規範，徒憑多年東挪西補的行政函釋，惹出偌大的“憲政法治”問題，“立法院”也是難辭其咎。馬英九案三審判決先後見解也有寬嚴不一的見解差異，雖然終在“最高法院”有所統一，但也顯示現行法令曖昧不清的程度，確實有著陷人于罪，違背罪刑法定主義精神的嚴重缺點。“立法院”如果可以及時立法，即有依新法而為裁判加以解決的機會。錯誤的行政實務不能形成行政習慣法改變既有的行政函釋，新而明確的法律卻可以取代不合法理、不合時宜的行政函釋，這可是遠比等到“司法”案件定讞再來赦免，可行得多的解套方法。“立法院”應為、可為之事，如果袖手不為，可就是國民黨的政治責任了。

　　社論說，特別費案的爭議，因“公務機要費”案而起，所形成的問題，模糊了“公務機要費”的是非，也使得無計其數的政府人員人人自危，嚴重損害法治原則。選舉激情已過，是到了徹底解決的時候了。“看守政府”不足恃，“新政府”能夠毫無相應作為，一新民眾耳目嗎？