聯合晚報社論指出，“一世英名，毀於一旦”，很多人忍不住用這樣的字句來形容在巴布亞紐幾內亞“建交”醜聞中越陷越深的邱義仁。從“編聯會”、“新潮流”到多次在艱困時期擔任民進黨秘書長，邱義仁曾經是台灣“民主運動”中舉足輕重的關鍵人物，然而經此一遭，將來大部分的人只會記得邱義仁和“十億弊案”牽扯不清，這樣的發展，的確讓人唏噓。

　　社論說，邱義仁在“民主運動”中建立起的名聲是毀了，不過，真的是“毀於一旦”嗎？恐怕未必確然。邱義仁的名聲其實不是突然在“外交”醜聞爆發後，轟然崩潰，在此之前，有好幾年的時間，他自己的選擇，他自己的作為，早就不斷侵蝕了他的歷史地位，臺巴“外交”弊案只是壓倒駱駝的最後一根稻草吧！

　　邱義仁的沉淪，從2000年“大選”和陳水扁密切合作開啟其端，在“兩顆子彈”事件中有了戲劇性的轉折。邱義仁和陳水扁一起將民進黨改造成“選票至上”的政治機器，用一種純粹技術性算計的角度看待選舉，對自己的選舉操盤能力，有了越來越高的信心，終至於完全不顧理想，也不顧台灣整體利益，只要是能拉攏選票、創造選舉勝利的，就是他們要做的事。

　　社論說，“兩顆子彈”過程中，邱義仁刻意在“總統府”記者會中誤導民眾，強化了“兩顆子彈”的選票效應，讓陳水扁險勝當選連任，邱義仁與陳水扁的關係更形密切。雖然外界還是視邱義仁為“新潮流”領袖，事實上從那時起邱義仁就已經跟“新潮流”疏遠了。更進一步，在陳水扁政權風雨飄搖時，邱義仁毫不掩飾地表明“我們都是保皇黨”，他的身分他的立場，早已經與民主沒有一點瓜葛，單純只剩權謀和利益的考量了。

　　權謀放中間，民主理想擺兩邊，那個時候的邱義仁，處在最有機會讓陳水扁垮臺拯救台灣民主也拯救民進黨的位子上，然而他的選擇卻徹底背離年輕時代的立場。不必等到臺巴案，那個時候的邱義仁，已經將自己的尊嚴與名聲拱手送走了。或許應該這麼說，臺巴案不過是這一連串驚人的錯誤判斷，最終的一個句點吧！