首先，海關派員駐廠監管的保稅工廠應是大型加工出口型企業。大型加工出口型企業指長期正常經營加工復出口業務的大型企業，包括臺商在大陸投資的此類企業；大型加工出口型企業所從事的加工貿易量（合同備案料件金額）佔主管海關加工貿易監管業務量1/5以上或年出口創匯額在500萬美元以上，並經國家有關主管部門批准，有自營進出口經營權；該企業應是當地經濟的支柱型企業，並由當地政府和行業主管部門認定為本行業的大型企業；臺商投資企業投資總額在3000萬美元以上。

另外，大型加工出口型企業還必須具備以下條件方可申請保稅工廠資格：1.企業的銀行資信好，稅務資信情況好；2.企業財務管理制度嚴格，按《會計法》規定設帳，帳冊健全，科目清晰，原始單據齊全，原料進口、國產成品出口和內銷的設置要便於區分，便於海關查帳；3.倉儲管理制度健全，原料倉庫內進口和國產產品分置，成品倉庫內出口和內銷產品分置，便於海關監管；企業健全的進出口單證的管理制度，進出口單證齊全。4.在辦理海關業務方面，報關員報關年差錯率在1%以下；報關員報換單證年差錯率在1%以下；5.按規定繳納海關稅費，連續三年無欠稅；6.嚴格執行國家外貿政策，遵守海關法規，無走私違規情事，並向海關承擔相應法律責任；7.為海關提供駐廠監管的便利條件。

  具備以上條件的生產企業在申請設立海關派員駐廠監管的保稅工廠時，還要向海關提交地方政府或行業主管部門的書面意見主管海關要對企業進行實地審查，經直屬海關審核後，報海關總署核準。 對已經實現加工生產全過程計算器管理的企業條件具備的可採用計算器聯網監管模式，即實行海關與企業計算器聯網監管，視同海關派員駐廠。 海關派員駐廠監管的保稅工廠如發生違法情事，將按《海關法》及其《實施細則》處理，並取消其經營保稅工廠的資格。