據台灣媒體報道，臺檢方大規模搜索邱義仁等三名“閣員”辦公室及住處，辦案人員透露有重大斬獲，除查獲邱義仁、柯承亨與金紀玖連係的通聯及簡訊外，還在邱宅查扣到重要記事本、柯宅查獲與金紀玖連係的書面文件，顯示兩人先前的說詞有所保留。

據指出，檢方在邱義仁位於汐止的家中，查扣到一份力甲營造負責人金紀玖寫給他的備忘錄，內容是金紀玖向邱義仁報告與巴紐建交的進度，文件是用電腦中文打字撰寫，金紀玖在文件下方還簽下“C．J敬上”字樣，令檢方懷疑邱義仁聲稱臺巴“建交”案是由“外交部”執行的說法，不能盡信。

據指出，邱義仁習慣上不太在公文上留下紀錄，許多重要決策都是口頭交代；檢方前天在邱義仁辦公室及官邸未找到相關書面文件，卻在汐止住處發現邱義仁平常私下記載巴紐案重要事項的記事本。辦案人員表示，查扣的記事本有助厘清邱義仁在巴紐十億醜聞弊案中所扮演的角色。

此外，檢方在柯承亨住處除發現他手機內有連係金紀玖、談及巴紐案處理等內容，讓柯承亨當場臉色大變；檢方還查扣到柯承亨曾與金紀玖連係的書面文件。檢方懷疑，柯承亨先前堅稱只引介金紀玖給邱義仁、並未參與臺巴建交案的說詞，有相當保留。

由於在邱義仁、柯承亨住處都查扣到兩人與金紀玖連係、往來的書面文件資料，與兩人先前接受檢方偵訊時的說詞並不完全一致，檢方將再匯整物證後，再度傳喚邱、柯兩人到案說明。

檢方前天大動作的搜索震撼各界。據透露，檢方在五日傍晚就向法院聲請搜索票，並準備執行夜間緊急搜索。不過，因法官對於檢方一舉聲請搜索“行政院”、“外交部”及“國防部”等重要部會及“閣員”住家提出不少質疑，偵辦本案的主任檢察官還親自向法官說明必要性，花了近兩個小時的時間，才說服法官同意發出搜索票。

由於拿到搜索票時間已超過十一點，檢察長王添盛召集相關檢察官討論後，為避免夜間搜索引發爭議，決定六日清晨才同步展開搜索。