台灣《中國時報》的報道說，這兩波軍、政重要人事案，乃是陳水扁在“國務機要費案”爆發後，最重要的一次出手。他借著調整“總統府秘書長”，把“智多星”邱義仁再找回來，以助於重振他對黨、政的操控，預為介入協調2008選舉做準備，也為“國務機要費案”官司重新佈局。

　　陳唐山早年在海外推動“台獨”運動，回臺後擔任過台南縣長，雖受肯定，但畢竟年事已高，思維及語言的靈活度不如新生代戰將。如果扁真的履行“權力下放”承諾，陳唐山或許可做個稱職的“秘書長”，然而扁既然已決定重出江湖，再度黨政軍一把抓，邱義仁相較之下就比陳唐山適任多了。

　　特別在扁的核心幕僚馬永成、林錦昌等陸續因故離去之後，扁家“軍師”青黃不接，決策品質大受衝擊。從去年到今年，在因應“臺開案”、“SOGO案”、“國務機要費案”過程中，屢屢發生狀況，現有幕僚團隊不管在操作手法，危機處理或論述能力，顯然都無法妥善因應一波波的狂風暴雨。

　　邱義仁回任“總統府秘書長”，背上至少扛著兩大任務。第一是協助扁處理2007“立委”選舉、2008“大選”的協調、輔選事務，繼續保持其影響力，確保他不致“跛腳”。邱曾任“府”“院”黨秘書長，選舉操盤經驗豐富，與“四大天王”的關係也不錯，由他居間擔任協調，替扁打前鋒，絕對可以得心應手。

　　邱義仁的另一項任務，便是協助扁與律師團配合，渡過“國務機要費案”的危機。坦白說，“國務機要費案”去年引爆之初，固然因為名嘴接連爆料，到最後完全失控；但扁官邸總是未在第一時間妥善因應，甚至被質疑“企圖以謊話掩護謊話”，更是扁的聲望如江河日下的主因。足智多謀的邱義仁回任後，是否能協助陳水扁真正的“奮起”，將是極大的考驗。

　　人事案的另一個重點是，陳水扁借著讓霍守業擔任“參謀總長”，鎮壓軍方內鬥，為未來的首任“文人防長”鋪路。另外，再以出身法界、行政系統，扁當局長期栽培的許惠佑取代軍方出身的薛石民，由文人領導“國安局”，展現他欲全面控制情報體系的決心。

　　報道說，台灣當局的安全情報體系，發源於兩蔣時代的“禁衛軍”，就如軍方一樣，內部還是有很多行政力不易穿透的地方。扁執政六年多，透過慢速度的人事更疊，才漸漸地逐出藍營老軍頭的影響力。許惠佑接“國安局長”不能僅看做一個單純的人事案，更重要的意義是扁花了六年多時間，才跨出這一步。