９月３日，陳水扁“出訪”南太平洋島國。“國務機要費”案再度成為媒體詢問焦點。扁也首度公開承認曾用他人單據及發票報銷“國務機要費”，但又稱絕對沒有進入私人口袋。“總統府”也已發新聞稿證實，陳水扁和吳淑珍已接受“高檢署查黑中心”密訊，有高層表示，“總統府”根本是偽造文書，扁已涉偽造文書或貪瀆罪嫌。
9月4日
以民主行動聯盟成員為主的全民倒扁行動聯盟公開要求，呂秀蓮應立即宣佈暫代陳水扁職務，讓陳水扁接受“司法”調查後，再決定去留。
美國商會在最新一期會刊《TOPICS》中嚴厲批評，點名台灣當局屈從臺聯黨壓力，不願進一步開放對大陸投資及來往，是弱化台灣競爭力。
陳水扁今天將在帛琉
“台灣與南太友邦元首高峰會”上提出高達八項的鉅額援助南太平洋“友邦”計劃，範圍廣納政府、農漁、醫療等。
陳水扁搭乘“空軍一號”“出訪”南太平洋“友邦”，由4架F16戰機護航。網路博客馬上有多張F16戰機護航的任務照片及諷扁文字流傳，直稱F16戰機護航是“老鷹送青蛙”、“瘟神送出去了”。
9月5日
美國商會高分貝批評台灣對兩岸經貿政策的緊縮。台灣美國商會會長姜森、執行長魏理庭等人再度說重話表示，對於開放兩岸三通這個議題，台灣等得愈久，機會愈少，市場愈小。
民進黨高層認為，不管施靜坐，還是馬提“倒閣”，都無法將扁拉下臺。真正能讓扁下臺的，就是兩個關鍵，第一、“司法”偵辦狀況，二、民進黨是不是挺扁到底。
陳水扁今天在帛琉舉行記者會，首度公開承認曾用他人的單據及發票報銷“國務機要費”，但又稱絕對沒有進入私人口袋。他也首次承認，“第一家庭”曾間接收到來自李恒隆的SOGO禮券。“審計部”高層透露，查核過程發現很多非常離譜的情形，“總統府”根本是偽造文書。
國民黨“立委”林鬱方指出，海軍已編列預算，準備在明年“續購”一百四十四枚標準二型導彈及十六枚訓練用的遙測彈；另海軍也在公開預算書中透露，明年將以“追風計劃”為名，正式開始採購傳聞已久的“雄風三型”超音速反艦導彈。
9月6日
馬英九已經決定倒扁靜坐當天在各大報紙發表專文，隨後召開中外記者會，對全世界表達支援但不介入的立場；記者會後他也將前往靜坐現場，親自向施明德適度致意。
國民黨發言人黃玉振重申不排除包括“倒閣”的任何選項，但現階段選區劃分等配套尚未完成，解散“國會”後恐會遇到“憲政”困境，因此目前不是“最好的時機”。
台灣“中正國際機場”一名即日起走入歷史。“行政院”“院會”6日通過“交通部”提案，正式將中正機場更名為“台灣桃園機場”，但在國際上的簡稱仍維持TPE。
9月7日
距離9月9日倒扁行動發起日只剩3天，民進黨內部與部分專家學者近日密集思考多項對策，包括：用“憲改”來交換陳水扁下臺，以及陳水扁主動停職兩個月、接受調查等。
“總統府”今天淩晨發出新聞稿證實，陳水扁已于８月７日下午四點在“總統府”內接受“高檢署查黑中心”調查，８月20日也約談了吳淑珍。說明“國務機要費”的性質、功能、演變沿革，並對經費用途、支出作詳細說明，也將“國務機要費”的“領據”、匯款單資料提供給檢方。
國民黨政策會執行長曾永權今天上午率促進兩岸開放觀光及週末包機訪問團前往大陸，抵京後將與相關單位工作會談，希望能促成開放大陸人士來臺和週末包機在十月順利展開。
9月8日
為因應9月9日的倒扁總動員，台北地區總共有10個“憲兵營”，大約6000名“憲兵”已經全面停休，進行全天候待命。屆時，裝配烏茲衝鋒槍、裝甲車的“憲兵”守內衛、中衛，警察守外衛，以護“總統府”與官邸安全。
據悉，由於陳水扁夫婦對以不實發票核銷“國務機要費”情事“知悉且交辦”，檢方已將他們“視為犯罪嫌疑人”，極可能被列為被告偵辦。
台灣紅負責人李慧芬今天在"立法院"舉行記者會，向陳水扁嗆聲說，如果阿扁與扁嫂要犧牲堂姐李碧君，她就決定公佈"黃埔一號"真實身分，戳破陳水扁"國務機要費"做為"機密外交"的謊言。
9月9日
由於陳水扁指稱以他人發票核銷，是為作為秘密"外交"用途，查黑中心將依據領據相關資料，逐一約談替陳水扁執行秘密"外交"的人士、"線民"，澄清資金流向及用途，調查陳水扁是否涉及貪瀆。
趙建銘涉及的"臺開股票內線交易案"，台北地方法院八日召開第三次準備程式庭，完成爭執事項的整理，並確定全案要從十月十七日起，以六次庭期，傳喚"財政部國庫署署長"劉燈城等30位證人，進行交互詰問。"開周"結束後，預計十一月八日起，將進行最後言詞辯論，年底前應可審結宣判。
9月10日
倒扁靜坐第一天在平和狀況下結束，第一天人數已經超過30萬，第二天將向50萬人大關挑戰，而且將會召喚民進黨一起出來反貪腐。
