絲綢之路不僅是東西方重要的交通動脈和商道，也是東西方文化交流和傳播的主要通道。作為人類文化現象的宗教，很早就沿著絲綢之路開始了由東向西和由西向東的相互傳播。作為絲綢之路樞紐的新疆，自然成為東西方許多宗教的傳播和匯聚之地。

    在外來宗教傳入以前，新疆地區流行的主要是原始宗教，一些地方已出現了原始宗教的高級形態——薩滿教。大約西元前4世紀左右，外來宗教開始沿著絲綢之路陸續傳入新疆。這些外來宗教與新疆本地的原始宗教一起，逐漸形成了多種宗教並存的格局。隨著時間的推移和統治階級宗教政策的變化，各個宗教的社會地位也在發生變化，新疆的宗教也隨之不斷演變。有的宗教因統治階級的推行興起了，有的宗教因統治階級的壓制衰落了；原有的一些宗教消亡了，一些新的宗教又傳入了。但是，不管各種宗教如何興衰更替，各種宗教的地位如何變化，新疆多種宗教並存的格局卻沒有發生根本的改變。

    歷史上，新疆宗教的演變大致經歷了四個階段:

    第一階段是原始宗教階段。這一階段從新疆出現原始宗教直到外來宗教傳入，歷時至少數千至數萬年。

    第二階段是以佛教為主要宗教的多種宗教並存階段。構成這一格局的宗教除佛教外，還有原始宗教（包括薩滿教）、祆教、道教、摩尼教、景教等。這一格局一直維持到伊斯蘭教傳入，歷時1000多年。

    第三階段是佛教與伊斯蘭教並立為主要宗教的多種宗教並存階段。在這一階段，伊斯蘭教通過對和田的宗教戰爭，逐漸將佛教勢力排擠出南疆地區，形成南疆以伊斯蘭教為主要宗教，北疆以佛教為主要宗教的格局。這一階段的早期各種宗教都比較活躍，後期則發生了較大變化，隨著伊斯蘭教勢力的不斷壯大，祆教、景教、摩尼教則日趨衰落。這一格局大致持續了6個多世紀。

    第四階段是以伊斯蘭教為主要宗教的多種宗教並存階段。西元16世紀初，伊斯蘭教在東察合臺汗國的強制推行下，最終取代佛教成為新疆的主要宗教。由於維吾爾等民族接受了伊斯蘭教，原來主要由這些民族所信仰的宗教，如祆教、摩尼教、景教等便逐漸在新疆消失了。佛教、道教主要在漢族中流行。西元17世紀初，衛拉特蒙古人接受藏傳佛教後，佛教又在北疆地區興盛起來。此後，基督教、天主教、東正教也相繼傳入新疆。新疆的宗教格局演變為以伊斯蘭教為主要宗教的多種宗教並存的格局。這一格局一直延續至今。