特偵組十一日向台北地院聲押陳水扁，卻傳出特偵組所提供的部分犯罪事實，合議庭有不同見解，裁定羈押部分，僅限于“國務機要費”和龍潭購地案。外界質疑，特偵組在偵訊相關證人及被告時，未在筆錄中將扁珍清楚切割，而依“妻涉案、夫想必知情”的經驗法則，進而指控他為共犯，作法十分危險。

　　據報道，特偵組在“國務機要費”及龍潭購地案中，掌握陳水扁犯案的關鍵證據，而非單憑心證辦案。辦案人員表示，聲押庭只是審查有無羈押的要件與必要性，關鍵證據尚未全部攤開，一旦起訴後，起訴書中會詳細載明扁家犯罪事實。

　　據傳，陳水扁十二日淩晨在聲押庭中的無罪答辯，否認檢察官指控的犯罪事實，僅承認吳淑珍收了五億元新台幣政治獻金，加上特偵組日前就訊吳淑珍時，她也否認在龍潭案收受辜成允交付的四億多元佣金，僅坦承收兩億元政治獻金，更駁斥蔡銘哲為其白手套。

　　據了解，特偵組九月二十五日在陳鎮慧木柵住處搜出隨身碟，檔案中記載十五項以“機密外交”名義不實核銷“國務機要費”，同時在取得陳鎮慧、林德訓及馬永成等人供詞後發現，三人在製作、核銷“國務機要費”，分別聽命于扁珍兩人，涉嫌侵佔和詐領“國務費”九千多萬元，另掌握相關事證，有助於鞏固案情。

　　至於在龍潭購地案中，據了解，扁從先行提供土地使用的決策及買賣協議書、銀行轉帳傳票和匯款憑條等書證，都直指陳水扁收賄，如今扁珍對政治獻金的說詞不一，也成為特偵組偵辦的重點。