1943年李登輝沒有讀完台北高等學校，就赴日本京都帝國大學攻讀農業經濟，一直到日本投降後約在1946年大學課程還沒有學完就被遣送回臺。回臺後在台灣大學插班繼續攻讀農業經濟。李登輝原先設想進入大學後攻讀歷史，但受到台北高校一位老師的影響，認為解決中國問題特別是台灣當時面臨的問題最關鍵的是農業問題，才改變了學歷史的想法，決定攻讀農業經濟。
1948年李登輝在臺大畢業，這是台灣光復後，臺大的第一屆畢業生，由於師資缺乏，李登輝被留校擔任了助教，後又任講師。
1951年李登輝經過一番努力，考上了公費留學，獲得了“中美基金會”的獎學金，前往美國愛德華州立大學研究農業經濟，為期一年半。據李登輝自述，在留學的日子裏，他的生活並不富裕，只有一份微薄的獎學金，不但要維持他自己在美國的一切生活費用，還要寄一部分回家接濟家裏的生活。當他學習結束獲取碩士學位以後，準備搭機回臺時，口袋裏只剩下維持到上機前的飯錢。那段時間裏，除了黃大洲（前台北市市長）給了他一些資助以外，黃信介（民進黨第一任主席）也曾在經濟上給予他幫助。因此李與二黃結下了長久的友誼。
在當時的台灣有能力出國的人很少，特別是去美國，這是許多人所嚮往的。除了達官顯貴以外，一般人是不容易獲得出國這種機會的，李登輝能夠公費出國留學，也算得上是人上人了。
1953年李登輝從美國回到台灣以後，得到了郭婉容的大力幫助，很快就在台灣大學出任講師。李登輝除了在臺大任職以外，還擔任合作金庫的研究員。這時他的收入已在一般人之上，家庭生活得到了改善。1954年美國副總統尼克松向台灣撥了一部分美援經費用來改善大專院校的設備、環境，臺大教職員工的待遇和福利進一步得到提高。這時李登輝的老師徐慶鐘又介紹他到農林廳擔任技士並兼任經濟分析股的股長，這樣李就一身兼三職了。1957年李登輝又成功的跨入了月薪200美元的“農復會”。200美元折合當時的台幣為800元，在那時這是高薪。台灣軍隊的一個尉級軍官月薪只54元台幣，在餐館買一碗榨菜肉絲面也只不過1元台幣。在“農復會”從擔任技佐開始，後升任為技正和農業經濟組組長，在台灣僅有的設有空調的辦公室裏工作。同時，在學校也由講師、副教授而升至教授。
1965年李登輝42歲時又獲得了美國洛克菲勒農業經濟協會和康乃爾大學的聯合獎學金，赴康乃爾大學攻讀博士學位。進入康乃爾大學以後，他與比他年輕許多的同學一同聽課、記筆記、寫作業、參加考試等等，與他在臺時的生活有了截然的改變。雖然這種改變對一般人來說一時難於適應，但對一向沉靜研究、等待時機的李登輝來說，卻是創造將來爬升條件的難得機會。每當假期其他同學成群結伴離校外出旅遊時，這個學生為賺取生活費和學費，經常孤獨地在校園內打工整理校園。當時在康乃爾大學就讀的台灣人不少，和他同期的有陳和田、高英茂和黃文雄，比他早去的還有劉泰英和黃大洲。黃大洲在臺大時是李登輝的學弟，但黃大洲先到康乃爾大學攻讀社會學，李登輝反而成了學弟。據說由於黃大洲家庭富裕，在經濟上給了李登輝很大幫助，還協助李登輝寫就了畢業論文。因此，李登輝對黃大洲感激不盡，在他官運亨通以後，黃大洲也扶搖直上。李登輝在康乃爾留學期間，經常與台灣學生聚會，每次聚會時李登輝都以他拿手的“牛排宴”來款待大家，因而被戲稱為“牛排李”。
曾經教過李登輝的康乃爾大學教授斯丹頓說，李登輝當時是一個認真努力求學的學生，他到康乃爾以後學什麼，怎麼學，事先都有充分的準備，而且還帶了一套事先擬好的研究計劃，這些都不是一般年輕的研究生所能具備的。
1968年，李登輝獲得了康乃爾大學的農經博士學位。他的博士論文“農工兼資本移動問題——1895年至1960年間台灣個案研究”獲得了1969年“美國農學會”全美傑出論文獎。李登輝的這篇獲獎論文厚達400頁，據說，在臺大教學時就已著手準備並有高人相助。論文深入研究了台灣1895年至1960年農業的轉型及互動，其結論是：台灣農業在不久的將來，勞動力、土地、資源、生產等都將臻于極限，農業促進工業已經到了“功成身退”的地步。相反的，已經到工業回饋農業的時代了。
回臺後，李登輝身價大大提高，被聘為台灣大學農經係教授兼任“農復會”顧問，儼然已經是亞洲知名的農業學者了。李登輝之所以能兩度赴美留學，雖然有他個人努力的因素和機遇，但美國人的強力運作和“農復會”長官的提攜是關鍵之所在。
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