1月1日  中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤在全國政協新年茶話會上表示，將堅持“和平統一、一國兩制”的基本方針，實施一系列加強兩岸交流合作、反對和遏制“台獨”分裂勢力及其活動的措施，維護臺海和平，推進祖國完全統一進程。

陳水扁在元旦講話中稱，“台灣是我們的‘國家’，土地面積三萬六千平方公里”，“台灣的‘國家主權’屬於兩千三百萬人民”；他並稱將把“‘積極管理、有效開放’作為未來兩岸經貿政策的新思維、新作為”；“如果台灣社會條件夠成熟，明年2007年舉辦‘新憲公投’，誰說不可能？”

    1月2日  美國國務院官員表示，美國期待陳水扁遵行“任內不會宣佈台灣獨立，不會更改‘國號’，不會推動‘兩國論入憲’，也不會推動統‘獨’公投”的承諾，將嚴肅看待台灣任何進一步的“憲政改革”。

    1月3日  陳水扁在與英國國會議員訪問團見面時稱，“臺海的現狀就是台灣為一個‘主權獨立國家’，不屬於中華人民共和國”；“做不好積極管理，就寧可不開放，這是‘積極管理、有效開放’核心價值的所在”。

    1月5日  馬英九表示，國民黨將加速推動兩岸直航，主導取消“兩岸關係條例”對直航的限制，若當局仍拒不開放，將發動“直航公投”；如果是“為了台灣的國際生存空間”，年底卸任台北市長後，“不排斥前往中國訪問”。

1月6日  國務院臺辦新聞發言人表示，台灣當局領導人重提“憲改”時間表，不斷鼓吹“台獨”分裂言論，並改變推動“憲改”的策略，這表明“台獨”分裂勢力加緊通過“憲改”進行“台灣法理獨立”活動的冒險性、危險性又在上升。

    國務院臺辦新聞發佈會宣佈，大陸已確定一對贈送給台灣同胞的大熊貓。

    1月7日  民進黨“新潮流係”青壯年成員低調籌組“兩岸政經學會”，力促兩岸交流。

    1月10日  全國人大常委會委員長吳邦國在會見美國眾議院美中工作小組代表團時表示，反對和遏制“台獨”，維護臺海和平與穩定，符合中美共同利益。

1月14日  中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤在廈門考察工作時強調，實現兩岸直接“三通”，有利於密切兩岸經貿合作和人員往來，符合兩岸同胞的共同利益，更是廣大台灣工商業界朋友的強烈願望，希望兩岸民間行業組織儘快商談、早日辦成這件兩岸同胞共同期盼的好事。

1月16日  中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤在福建考察工作時表示，謀和平、促合作、求發展，努力構建和平穩定發展的兩岸關係，創造更加美好的生活，是兩岸同胞的共同願望，也符合時代潮流的發展方向；我們要切實加強兩岸人員往來和經濟文化交流，真心實意為台灣同胞謀福祉，使兩岸同胞聯繫更廣泛、感情更融洽、團結更緊密，齊心協力推動兩岸關係朝著和平穩定的方向發展；創造更好的條件支援和鼓勵台灣企業來大陸投資創業，歡迎台灣同胞參加奧運會建設和有關活動；支援兩岸民間行業組織依照既有的協商模式儘快就兩岸客運包機節日化、常態化和貨運包機問題一併協商，同步實施；要促進兩岸各種形式的文化交流，使中華文化薪火相傳、發揚光大；同時兩岸青年應該加強交流、相互促進，共同擔負起民族復興的重任。兩岸同胞應該審時度勢、抓住機遇、攜手互助，推動兩岸經濟技術交流合作取得新進展，促進兩岸直接通航出現新局面。

    1月17日  陳水扁在金門稱將以“積極管理、有效開放”來因應兩岸關係，“將以強化對中國投資的管理來確保台灣的核心經濟利益”。

1月19日  臺“陸委會”稱，臺當局在1月20日至2月13日期間擴大實施金馬“小三通”項目，金馬旅臺鄉親無需以組團方式，即可直接經由“小三通”出入大陸。

    1月20日  馬英九在接受香港鳳凰衛視專訪時表示，“國民黨將落實胡連會五項願景，特別是加強國共交流，充實雙方願景、政策的具體內容”。

    2006年兩岸春節包機正式啟航。
    臺“行政院長”謝長廷表示，開放大陸人士赴臺觀光等兩岸交流議題，對促進台灣觀光業及增加人民收入有利，因此他“支援兩岸有條件開放直航”。

    1月21日  國民黨政策會執行長曾永權、副執行長兼大陸事務部主任張榮恭等人舉辦記者會表示，繼兩岸春節包機後，國民黨將推動“兩岸客貨包機週末化、常態化及開放大陸民眾赴臺觀光事宜”。

    1月25日  臺“交通部民航局長”張國政表示，“兩岸交流不應僅限于春節包機，應儘快‘三通’，讓兩岸交流更快速”。

    臺空軍以“大陸飛航台灣的春節包機”為假想目標，舉行代號“聯翔操演”的作戰演習。

1月26日  馬英九表示，兩岸關係正常化是不可逆轉的方向，應承認大陸學歷，允許大陸學生到台灣接受高等教育。

臺“立法院長”王金平在美接受美國之音專訪時表示，為兩岸和平做出貢獻是自己的最大願望，並“樂意擔任兩岸特使”。

1月27日  中央臺辦、國務院臺辦、海峽兩岸關係協會舉辦座談會，紀念江澤民同志《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮鬥》重要講話發表11週年。

    1月29日  陳水扁宣稱，將“嚴肅思考廢除‘國統會、國統綱領’”；“認真思考以台灣之名申請加入聯合國”；“期盼今年民間版的‘新憲法’草稿誕生”，當社會條件逐漸形成時，在2007年“公投”通過。

    1月30日  美國國務院發表聲明，重申堅持一個中國政策，反對“台獨”，反對台灣單方面改變現狀，並表示陳水扁關於“以台灣名義申請加入聯合國”的講話是片面改變現狀的行動。