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5月8日
馬英九在新加坡表示，“中華民國”的“憲法”本來就是“一個中國”的“憲法”，“台獨”在法理上是行不通的；他稱現階段應該忘掉“統一”、“一國兩制”，致力於兩岸和平協議。
5月10日
中央軍委副主席、國務委員兼國防部長曹剛川在會見美軍太平洋總部司令時表示，台灣問題攸關中國的核心利益，希望美方明確反對“台獨”，明確支援中方為維護臺海和平穩定、改善和發展兩岸關係所做出的積極努力，停止美臺軍事交往，停止售臺先進武器。
美國副國務卿佐利克表示，美國不會改變30年來的一個中國政策體系；“台獨”意謂著戰爭，台灣如果不斷挑戰美國早已定調的—個中國政策，“就是一直在撞墻”。
5月11日 美國在臺協會台北辦事處處長楊蘇棣表示，台灣處理“修憲”問題要非常小心，不要碰觸“台獨”議題，否則會引發美國擔憂。
5月16日 國民黨、親民黨“立法院”黨團力推的“直航條款”因泛綠“立委”惡意阻撓，闖關失敗。
5月18日
商務部有關人士表示，大陸決定正式啟動兩岸漁工勞務合作。19日，首批大陸漁工赴臺。
5月19日 陳水扁在視訊會議中稱，以“台灣為名”爭取成為世界衛生大會觀察員，實現“有意義的參與、有尊嚴的參與”。
5月20日 臺當局拋出首份所謂“國家安全報告”，大肆鼓吹台灣“主權獨立”，惡意煽動“中國威脅論”。
5月22日
第59屆世界衛生大會否決了極少數國家提出的所謂邀請台灣作為觀察員參加世界衛生大會的提案。這是該類提案連續第10次被否決。
5月30日 臺“立法院”即日起休會，“兩岸直航條款”三度闖關失敗，公營事業等4項重大預算皆未過關。
5月31日
陳水扁宣佈“三個決定”和“一個決心”，即“自清”、“革新”、“權力下放”及“說到做到、堅持到底”，稱“除‘憲法’賦予‘總統’的職權外，其餘黨政權力徹底下放”。
國臺辦新聞發言人指出，台灣當局公佈的所謂“2006國家安全報告”再次充分暴露了台灣當局領導人頑固地堅持“台獨”分裂立場，繼續推行激進的“台獨”分裂路線，執意破壞兩岸關係和平發展；並表示，反對“台獨”分裂勢力及其活動，維護臺海和平穩定，是兩岸同胞的共同願望，也是我們堅定不移的意志和決心。
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