１９９０年１１月２１日，台灣的海峽交流基金會在台北成立，並於１９９１年３月９日正式掛牌工作。海基會以民間財團法人基金會的形式出現，任務是接受台灣“行政院大陸委員會”的委託，辦理台灣當局“不便與不能出面的兩岸事務”。辜振甫被推舉出任海基會董事長至今。
１９９１年１２月１６日，海峽兩岸關係協會在北京成立。它以促進海峽兩岸的交往，發展兩岸關係，實現祖國和平統一為宗旨。工作範圍為致力於加強同贊同海協宗旨的社會團體和各界人士的聯繫與合作；協助有關方面處理海峽兩岸同胞交往中的問題，維護兩岸同胞的正當權益。還可接受有關方面的委託，與台灣有關部門和授權團體、人士商談兩岸效中的有關問題，並簽訂協議性文件，汪道涵當選海協會長至今。
海峽兩岸關係協會成立後，與台灣海峽交流基金會正式建立了受權的制度化的接觸商談的渠道。從１９９２年３月到１９９５年６月，海協與台灣的海基會共進行包括第一次汪辜會談在內的各種層級的商談１７次。
１９９３年４月２７日至３０日，海協與台灣海基會經過一年多的磋商，終於在新加坡舉行了舉世矚目的兩岸受權民間機構領導人的會談——“汪辜會談”。會談達成了四項協議，包括《汪辜會談共同協議》、《兩會聯繫與會談制度協議》、《兩岸公證書使用查證協議》和《兩岸掛號函件查詢、補償事宜協議》。“汪辜會談”獲得成功，得到兩岸同胞的高度評價。中共中央總書記江澤民指出：“這標誌著海峽兩岸關係發展邁出了歷史性的重要一步。”
《汪辜會談共同協議》于５月３０日生效後，海協與海基會開始就兩岸交流衍生的四個方面的問題進行事務性商談。終由於台灣當局試圖在兩會事務性商談中達到凸顯“兩岸分裂分治”的政治目的，致使事務性商談歷經１７次卻仍一事無成。１９９５年因李登輝訪美破壞兩岸關係，兩岸事務性商談被迫中止。
１９９８年１０月１４日，海基會董事長辜振甫率領海基會參訪團前來祖國大陸進行為期６天的參訪活動。兩岸雙方對辜振甫先生此行的定義為“參訪”，但辜振甫先生５０多年來踏上祖國大陸的第一步，卻也是海峽兩岸高層５０年來第一次面對面地就祖國統一的大是大非問題坦率交換意見，進行溝通，中共中央總書記江澤民在釣魚臺賓館禮節性地會見了辜振甫夫婦。１０月１５日，辜振甫與海協會長汪道涵經過兩次會面並無拘束地交換意見後，雙方達成了四項共識。
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