１９９５年４月，原國家教委、國務院臺辦聯合下發了《關於進一步做好招收台灣學生工作的通知》，對臺生的收費做出了明確的要求，原則上參照招收大陸自費生的收費標準，成績優秀的學生可免交學費，並可享受學校的獎學金。

    同年，原國家教委開始在２０所高校為臺港澳人士設立“研究生獎學金”。

　　１９９６年５月，原國家教委聯合八部委下發了《關於為在祖國大陸（內地）學習的臺港澳學生提供方便條件等有關問題的通知》，明確了要本著“保證品質、一視同仁、適當照顧”的原則招收台灣青年來祖國大陸高等院校學習。同時，統一制定各高等學校對臺生收取學費和雜費的標準，本科生按每人一學年１０００－１５００美元收取，具體標準由各校根據專業教育需要在此限內經上級主管部門審批後決定。嚴禁以盈利為目的亂收費、高收費，要求對違犯規定者嚴肅查處。

　　目前，台灣青年來祖國大陸高等院校和科研院所攻讀博士或碩士研究生的收費標準，參照本校招收祖國大陸同類專業委託培養研究生的學費標準收取。

　　２００３年１１月，國家教育部、國務院臺辦印發了《教育部、國務院台灣事務辦公室關於做好在祖國大陸高校學習的台灣學生教育和管理工作的通知》，要求學校應按照國家有關規定向台灣學生收取學費，並要求公開、透明，不得擅自提高學費標準和濫收費。台灣學生在讀期間，可以與大陸學生同等申請所在學校設立的各種獎學金。

　　２００４年《教育部關於做好２００５年從香港、澳門、台灣人士中招收研究生工作的通知》中要求，設立研究生院的高校，要安排一定國家計劃名額用於招收港澳臺生，其他招生單位參照這一要求，做好適當安排。