6月3日
陳水扁稱，2005年和2006年是兩岸另一個“機會之窗”，“在不設任何前提和條件下”，他願意“在第三地和大陸領導人對話”，並稱“美國是最好的橋梁和平臺”。
親民黨主席宋楚瑜就陳水扁指責宋在美“密會陳雲林”一事提出民事訴訟。
6月8日
美國總統布希稱，“兩岸問題得靠時間解決，兩岸任何一方都不能片面挑釁另一方，改變臺海現狀”。布希並強調，“美國政府基於中美三個聯合公報，支援一個中國政策”。
台中市長胡志強來北京參加“城市與地方政府聯合會執委會暨世界理事會議”，12日返臺。
6月10日
上海外高橋造船廠為台灣製造的第一艘巨輪——“中華和平”號舉行交船儀式，連戰夫人連方瑀來大陸參加交船儀式，並擔任新船命名人。
6月12日
“立法院長”王金平提出“一網三區”構想，許諾擔任國民黨主席後，將把金門建設成一個兼具地方文化、經濟發展和兩岸和平的“黃金之島”。
6月13日
“大陸臺商協會聯誼餐會”在臺舉行。“行政院長”謝長廷在會上宣佈，臺當局將委請台北市航空運輸商業同業公會與“外貿協會“，協助聯繫安排協商兩岸貨運包機與農產品銷往大陸等議題。“陸委會”稱，兩岸“貨運包機”涉及“公權力”事項，台灣堅持“官方實質參與”的立場。
6月15日
臺當局就水果登陸問題提出“一個原則、三項安排”，實際上是為台灣農產品登陸設障。陳還攻擊說，大陸有關水果免稅登陸“純粹是政治語言”。
針對國臺辦作出“歡迎台灣民間機構到大陸協商”的講話，臺“行政院發言人”卓榮泰稱，“只要對岸不排斥台灣的協商團體，就算是善意表現”。
6月20日
泛藍3黨7位“立委”來廈門，實地考察大陸貨物通關作業及開放臺農產品登陸政策落實情況，為推動“水果小三通”做準備。
“外交部長”陳唐山赴美，與美國政要及企業領袖會面併發表演講。陳稱，“臺海兩岸問題之間的本質是在制度之爭，他期待美國能夠架構新的美中臺三邊關係”。
6月22日
台灣省農會理事長劉銓忠一行9人，與海峽兩岸經貿交流協會就台灣水果登陸問題進行協商。
6月23日
“陸委會”稱，省農會不是“政府”委託或授權與大陸聯繫協商的對象；若雙方協商涉及“公權力”事項，“當局將依法處理省農會”。
6月27日
臺聯黨召開中執會，黨中央政策會執行長李先仁提案並達成“臺聯黨將務實思考與中國共產黨進行政黨交流”的共識，如與大陸接觸，將採取“不封閉、不排斥、不主動”原則。
6月28日
世界貿易組織發言人洛克威爾表示，台灣維持現有的“臺澎金馬個別關稅領域常駐代表官團”的名稱與地位，但臺代表團官員的“外交”職銜則被取消。臺表示對此無法接受。
6月29日
國臺辦表示，“台灣問題是中國人自己的問題，胡錦濤與陳水扁如果見面，地點就應當在我們自己家園的土地上”。
陳水扁稱，“台灣未來將面臨四化，即‘憲政體系制度化’、‘兩岸關係和平化’、‘外交關係全民化’，以及‘國防能力現代化’”。
（鄧志慧根據相關資料整理）
