9月1日
民進黨前政策會副執行長、“新潮流”政協梁文傑來京、滬訪問。
國民黨新竹市蘇州交流訪問團與蘇州臺商展開座談。
9月2日
民航總局正式批准長榮、中華、立榮與華信等4家台灣航空公司飛越大陸空域的申請。
國民黨主席馬英九接受島外媒體專訪時強調，“如果國民黨執政，兩年內一定完成兩岸三通直航”。馬表示，他將“竭力促使海峽兩岸結束56年來的分裂狀態，達到兩岸統一”。馬同時還讚揚胡錦濤總書記採取了實際行動改善兩岸關係。對此，陳水扁6日稱，“任何政黨或任何人執政都不可能實現三通”。
9月4日
陳水扁公開宣稱，任內“絕對不可能承認大陸學歷”。並稱，一定要在“民主、和平、對等”的條件下，和中國大陸協商“三通”直航。
9月12日
陳水扁就當前兩岸關係宣稱，“我們的兩岸政策是‘爭取談、不怕拖’，但我們不可能像香港一樣接受‘一國兩制’”，兩岸間的歧見“應該通過民主、和平、對等的原則來解決”。
9月14日
親民黨主席宋楚瑜率團到上海參加第一屆兩岸精英論壇，就發展兩岸關係提出在“橋不可斷，勢不可弱，門不能關，心不能亂”“四不”前提下，“沒有遲疑與退卻的理由”的“新四不一沒有”。17日，宋返臺後在台灣機場呼籲當局正視直航重要性。
9月19日
李敖由台北經香港抵達北京，展開為期9天的“神州文化之旅”。
9月22日
陳水扁在美國邁阿密僑宴上首度公開宣稱“願無條件、不限時地與胡錦濤會談”。
9月26日
臺“陸委會”通過“大陸地區出版品電影片錄影節目廣播電視節目，進入台灣地區或在台灣地區發行銷售製作播映展覽觀摩許可辦法”修正草案，放寬申請時間。
中國國民黨身心障礙者保護基金會所組成的大陸參訪團，赴大陸拜會江蘇省殘疾人聯合會。
9月28日
臺“行政院長”謝長廷宣佈，10月3日起開放金、馬兩地銀行試辦新台幣與人民幣直接兌換業務。
9月29日
“行政院長”謝長廷宣稱，“將兩岸共同打擊犯罪列入兩岸協商重要議題，明確要求大陸人民來臺均應按捺指紋，以有效解決兩岸跨境犯罪問題”。但“陸委會”則稱，“近期內無法立即實施”。
前往歐洲訪問的中國國民黨前主席連戰在俄羅斯聖彼得堡大學演說時指出，“兩岸爆發戰爭可能性己大幅降低，如民進黨改變立場，接受‘九二共識’，兩岸就有復談機”。
