由於民進黨的形成是“黨外勢力”在反對國民黨一黨獨大的大前提之下的集結，因此自始便存在著許多不同的政治路線以及人際網路，這是民進黨派系形成的基礎。最開始的時候，主要是美麗島係與新潮流係以及不結盟的政治人物，在民進黨的成長過程中，不斷經歷派系實力的消長與重組。美麗島係在經過數次路線之爭以及新的年輕派系如正義連線、福利國連線等的挑戰，已解散重組。民進黨黨內的派系眾多，派系鬥爭始終激烈。

執政數年，民進黨的派系實力有重大消長，目前黨內呈現陳水扁嫡系正義連線，與擁有多席縣市長與政務官的新潮流係兩大現象，其他小派系，則影響力有限。

正義連線有陳水扁領導，新潮流成員遍及“府會”、地方重要職務，這兩個派系組織較嚴密，募款運作較容易；福利國大老級的人都已不管事，派系結構鬆懈，謝長廷與蘇貞昌雖皆出自福利國，但各有自己人馬。目前黨內的主要派系有：

新潮流係：從建黨之初就存在的派系，目前也非常親陳水扁，以新潮流雜誌的編採與撰稿人員為班底組成，該派系的主要政綱為“台灣獨立”、群眾運動路線以及社會民主。明確的政綱與強而有力的派系紀律，使該派系成為黨內最具實力的派系，代表人物有曾任“總統府秘書長”的現任“國安會秘書長”的邱義仁等；

正義連線：1992年由陳水扁所創，是陳水扁在黨內的主要力量；

福利國連線：代表人物有前民進黨主席、“行政院院長”謝長廷，民進黨秘書長張俊雄等；

新動力辦公室：以前“立委”許榮淑為代表；

“台獨”聯盟：主要是1991年後返臺的“台獨”人士，以民進黨副秘書長李應元為代表；

新世紀辦公室：以現任海基會副董事長、民進黨的建黨元老之一張俊宏為領軍；

    為了對抗新潮流係強大的政治動員實力，“正義連線”、“福利國連線”、“新動力辦公室”和“台獨聯盟”合組的鬆散派系聯盟稱為“主流聯盟”，是民進黨內的主要政治力量，而新潮流派系則較為團結，也是黨內有影響力的派系。

此外還有一個“美麗島係”，與“新潮流”一起是建黨之初的兩大派系，以施明德等美麗島事件當事人為代表，但隨著1996年施明德的退黨與之後許信良的退黨逐漸沒落，失去影響力。