“首長特別費”的用途相對籠統，只規定用在“因公招待、饋贈及犒賞所需”，至於如何用、何時用、額度多少，屬於“首長”的許可權，外人無從置喙，但是支用的程式必須合法，並應接受“審計部”的查核。“特別費”彈性較大﹐可以有一半不須檢附單據。

馬英九“特別費”案是以消費的大面額發票取代瑣碎的小額發票﹐目的是為了簡化行政，屬於程式上的“瑕疵”，但承辦的市府秘書處組員余文也有偽造文書之嫌。

“特別費”的支領，有很大彈性，不需發票報銷的部分，可領支票、現金或匯入私人賬戶，包括陳水扁、蘇貞昌等，皆領取現金，馬英九與代理高雄市長葉菊蘭等人一樣，選擇匯入賬戶，這部分應無不法。

“特別費”可以說是給“首長”的“補助費”，全臺有6500名“公務首長”領取，為了防弊，“預算審計法”規定“特別費”的一半需發票報銷，另一半不需發票報銷，只需簽署領據即可。民進黨指馬英九特別費中需單據部分與不需單據部分都有問題，前者是指余文以假發票核銷，余文已經被檢方列為被告，但迄未查出有錢流向馬英九口袋。

馬英九比較難澄清的是不需單據部分，因為馬的特別費每月直接匯入市長賬戶﹐造成特別費入私帳的爭議﹐但這問題並不僅發生在馬身上﹐全臺6500名“首長”皆然﹐因為主計單位並未要求設立特別費“專戶”。

對馬英九而言﹐不用單據的“特別費”﹐幾年下來已經陸續支用﹐要準確說明流向﹐實是強人所難﹐對馬相當不利。矛盾的是﹐直接以現金支領“特別費”者﹐如陳水扁、蘇貞昌﹐審計單位無從查核﹐將特別費匯入賬戶者﹐如馬英九、葉菊蘭﹐錢的流向相對透明﹐卻要面臨檢方查辦。（包瑋瑋根據媒體相關報道整理）