閩臺漁民自古同在一海域作業。在兩岸對峙的年代，台灣當局人為地劃出中線，不許福建漁民越線捕魚，台灣軍方驅射、毆打、抓扣我漁民。台灣軍警介入海上涉及兩岸人員的重大漁事糾紛，人為造成海上糾紛的複雜化。1990年月22日，臺方以極不人道方式遣返大陸漁船“閩平漁5540號”造成25名大陸私渡人員窒息死亡。同年8月13日,臺方又將50名私渡人員強行並船遣返，導致“閩平漁5202號”被臺軍艦撞沉，21人落水遇難。這兩起海難事件的發生，受到輿論界的強烈譴責，台灣當局不得不暫停遣返，並通過經十字組織頻繁與我方聯繫，要求由十字組織出面商談遣返事宜。

　　鋻於以上情況，經商定，兩岸經十字組織以個人名義，于1990年 9月11日—13日在金門島就雙方人員遣返問題進行了工作商談。通過商談達成了 4點協議（簡稱“金門協議”）：確立了“人道精神與安全便利”的遣返原則，明確以“違反有關規定進入對方地區的居民（簡稱‘私渡人員’）以及刑事嫌疑或刑事犯”為遣返對象，商定了以馬尾—馬祖和廈門—金門為遣返交接點，並確定了資料送達、復核、專用船使用、交接見證等遣返程式。同年10月8日開始實施由兩岸紅十字組織見證的私渡人員遣返作業。

　　“金門會談”雖是以紅十字會名義組織的，但實際上是一次半官方的接觸，從此建立了兩岸事務管道，台灣輿論界認為這是一次“堪稱歷史性的會談”，是兩岸關係的一大突破。協議的簽字得到了台灣有識之士和廣大漁民的讚賞和支援。“金門協議”簽定後，福建省根據中央對臺方針政策和協議，採取依法、妥善、快速處理的方針，處理了1991年“3.9三保警”事件、“7.21閩獅漁”事件、“10.4閩連漁”事件，以及1992年“霞工緝2號船”事件和“閩寧緝3號船”事件等。並在打擊海上走私、私渡問題上，作出了很大的努力。1991年台灣“海基會”副秘書長石齊平率團來閩，與廈門市、福州及福建省政府有關部門就合作打擊台灣走私、搶劫等犯罪活動交換了意見，達成了共識，建立了閩臺兩省事務性接觸的渠道，並在共同打擊走私、私渡領域進行了成功的合作。1997年3月,台灣犯罪嫌疑人劉善忠劫持台灣中華航空公司飛機到廈門，在處理過程中我們堅持以事實為依據，審慎週密地接法律程式辦事，將劉善忠從海上遣回台灣。每一發生在福建的重大突發事件的妥善解決，都為兩岸關係的發展起到積極的推動作用。幾年來，根據“金門協議”我們共接回遣返人員126批24419人，遣回台灣人員23批67人,有效地維護了台灣海峽的祥和氣氛，為海上直航創造了有利條件。