實現兩岸直接“三通”是我們的一貫主張，也是海峽兩岸人民的共同願望。為了加強兩岸航運規範化管理，加快兩岸直接通航的進程，促進兩岸間已經發展起來的的間接通航儘快轉變為直接通航，以縮短兩岸通航的距離和時間，減輕兩岸航運業及有關經貿業者不必要的經營負擔。

　　1996年月20、21日交通部和外經貿部頒布了《台灣海峽兩岸間航運管理辦法》、《關於台灣海峽兩岸間貨物運輸代理業管理辦法》。決定先於廈門、福州港區作為兩岸間船舶直航試點口岸，並指定上述港口的中國外輪代理公司和中國船務代理公司代理兩岸直航的船舶業務，凡符合上述兩個《管理辦法》規定的航運企業可以在按程式報經交通部批准後派船靠上述港口從事兩岸間直達航運業務。

　　兩個《管理辦法》的出臺，是兩岸同胞多年來熱切期盼和積極推動的一件大事，是我們推動兩岸直接“三通”的一個重要步驟。在兩岸航運界的共同努力下,1997年4月19日，廈門輪船總公司的“盛達”號和福建外貿中心船務公司的“華榮”號集裝箱船，懸挂方便旗，分別自廈門和福州直航高雄；4月25日,台灣立榮海運公司的“立順”號集裝箱船也懸挂方便旗，自高雄直航廈門。這標誌著台灣海峽兩岸間海上定點中轉直航正式啟動。一年多來,先後有6家祖國大陸船公司的6艘方便旗船舶和4家台灣船公司的4艘方便旗船舶投入福州、廈門至高雄間的航運業務，並且運營狀況順利良好。兩岸船公司、船務代理公司、港口聯檢和裝卸部門配合默契，未發生任何糾紛，多數船公司已由開始的虧損狀態實現了保本和微利經營。截至1998年12月，共運送2307航次，運送中轉達集裝箱40.25標箱。

　　台灣海峽兩岸間的試點直航雖說然這不是真正意義的直航，但畢竟打破了兩岸在通航上的僵局，結束了近年來臺灣海峽兩岸間沒有商船直接往來的歷史，使兩岸海上通航取得了重要的階段性進展。為了確保兩岸海上試點直航的順利進行，福建省有關部門和福州、廈門兩市做了大量工作。省市交通部門和船公司全力以赴，認真實施，口岸聯檢部門積極改進措施和提高效率，為試點直航提供了高效、便捷的服務。有關部門對參與營運的兩岸船公司採取了許多優惠、方便的措施。但是，由於台灣當局繼續限制兩岸貿易貸物通過直航船舶運送，目前這種中轉直航，在本質上與我們所一貫主張的兩岸直航並不相同。而且由於台灣當局“不通關、不入境”的政策限制，使兩岸直航商無法為直航船舶攬取兩岸貿易貨物，嚴重影響了他們的經營效益。