薩迦寺座落在薩迦縣城，距日喀則149公里。薩迦寺有南北寺之分，通常人們說的薩迦寺是指薩迦南寺。
1073年，薩迦派創始人昆·貢覺傑布在仲曲河北岸山上，建了一座白宮——後人稱為古城寺，因該寺建在灰白土山旁，故人們用藏語“灰白土”——“薩迦”命名，這就是現在破壁殘垣、依稀可見的薩迦北寺，薩迦地名也緣於此。1288年，根據八思巴的授意，本欽·釋迦桑布建了薩迦南寺，以後，歷代昆氏子孫(薩迦王朝統治者)，都對寺廟進行擴建，形成今天薩迦寺的規模。
該寺建築面積14700平方米，週邊築有城墻，高5米，厚近2米，四隅各有角樓一幢。主殿面積5700平方米，內有40根紅漆大柱直托殿頂屋架，中間四根尤為粗大。其中最粗一根柱子直徑1.5米，叫“甲納色欽嘎那”，意為“皇帝送的柱子”。早在西元11世紀，許多宗教高僧學者薈萃於此，寫下不少名作，留下許多佛學專著，為燦爛悠久的民族文化增添了光彩。歷史上薩迦寺在完成社會統一，鞏固社會疆域方面，作出了不可低估的貢獻。
薩迦寺院墻壁上涂有象徵文殊、觀音、金剛菩薩的紅、白、藍三道顏色，故薩迦派又稱“花教”。由於薩迦班智達貢噶堅讚的努力，元朝時西藏地方正式歸入祖國版圖，成為祖國的一部分。為表彰薩班的功績，闊端王子賜給薩迦巴統管西藏地方的權力，到八思巴時期，由於元世祖忽必烈的尊崇，薩迦派更為強盛，建立了以薩迦為基地的薩迦王朝，成為當時全藏政治、經濟、文化和宗教中心。
薩迦寺裏卷帙浩繁的經典卷冊，堆壘層積如同城墻一般，數目繁多的書籍和文物，如同一個歷史博物館。據統計，全寺藏書4萬餘卷，僅措欽大殿後壁的一個長57.2米，寬1.3米的木製架，就有書倉464個，倉內藏滿了數以萬計的經卷。在這些經卷中，有一部世間罕見的《布德甲龍馬》大藏經，長1.8米，寬1.03米，厚0.67米，這部巨著，對西藏的宗教、歷史、哲學、文學、農牧等都有論述，內容十分豐富。
寺內還珍藏著我國的國寶——貝葉經。貝葉經是佛教興起時及其以後逐步弘揚和傳播佛教(也有歷史、詩歌方面的貝葉經)的經書，經文用梵文寫在貝葉上，每副葉片繪有四幅佛教彩色插圖。貝葉經原有100多部，每部一二百張，現存21部，是極其珍貴的稀世珍寶。
《布德甲龍馬》貝葉經，對西藏的歷史、考古、宗教、民族、文字起源、文學藝術史的研究有著特別重要的價值。
薩迦寺還保存著歷代皇帝贈送薩迦法王的古瓷瓶、玉碗、鍍金菩薩和盔甲、寶刀、法器、螺號、馬蹄式龍袍、皇靴、盔冠、印章以及錦織品類。這些饋贈禮品，使人們想到600多年前薩迦地方政府與元朝的密切關係。
薩迦寺保存完好的壁畫更是引人入勝，有連續幅的佛教故事和薩迦世襲法王的肖像，也有軸畫、緙絲、刺繡畫幅。這些畫，有的記述了八思巴親見元帝忽必烈的情景；有的記載著貢嘎堅讚一生的業績；有的記錄著《薩迦世系史》；有的記載了建築此寺的生動場面。這些畫面，可使人們重新看到當時的歷史場面。如果說不看布達拉宮，不算真正到過西藏，那麼，不看薩迦寺，是算不上真正了解西藏曆史的。
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