《神農本草經》又稱《本草經》或《本經》，託名“神農”所作，實成書于漢代，是中醫四大經典著作之一，是已知最早的中藥學著作。《神農本草經》全書分三卷，載藥365種，以三品分類法，分上、中、下三品，文字簡練古樸，成為中藥理論精髓。《神農本草經》記載了365種藥物的療效，多數真實可靠，仍是臨床常用藥；它提出了辨證用藥的思想，所論藥物適應病症能達170多種，對用藥劑量、時間等都有具體規定，這也對中藥學起到了奠基作用。
相傳起源於神農氏，代代口耳相傳，于東漢時期集結整理成書，成書非一時，作者亦非一人，秦漢時期眾多醫學家蒐集、總結、整理當時藥物學經驗成果的專著，是對中國中醫藥的第一次系統總結。其中規定的大部分中藥學理論和配伍規則以及提出的“七情和合”原則在幾千年的用藥實踐中發揮了巨大作用，是中醫藥藥物學理論發展的源頭。
《神農本草經》系統地總結了古代醫家等各方面的用藥經驗，對已經掌握的藥物知識進行了一次全面而系統的整理。全書共計收錄了365種藥物，正好與一年365日相合，這倒並非巧合，而是作者有意為之的結果。事實上，當時掌握的藥物數量已經遠超此數，但由於受到術數思想的影響，所以從中選取了365種藥物，“法三百六十五度，一度應一日，以成一歲”。
《神農本草經》不止進行了藥物的蒐集工作，還有意識地對所收藥物進行了分門別類工作，將365種藥物按照上、中、下分為三類，這被稱為“三品分類法”。分類的依據主要是藥物的性能功效。
《本經·序錄》中即言：“上藥一百二十種為君，主養命以應天，無毒，久服不傷人，”如人參、甘草、地黃、黃連、大棗等；“中藥一百二十種為臣，主養性以應人，無毒有毒，斟酌其宜。”，需判別藥性來使用，如百合、當歸、龍眼、麻黃、白芷、黃芩等；“下藥一百二十五種為佐使，主治病以應地，多毒，不可久服。”，如大黃、烏頭、甘遂、巴豆等。
《神農本草經》中也蘊含著豐富而深刻的藥物理論，由此奠定了藥物學的理論構架。此部分內容主要見於序錄部分，相當於全書總論，雖然文字並不長，只有十三條，但已經涵蓋了藥物學的各個方面。
《神農本草經》中對於所收錄的各種藥物的功效和主治疾病都進行了簡要的記載與描述，這無疑是早期臨床藥學寶貴經驗的總結。長期臨床實踐和現代研究都證明《神農本草經》中對於所載藥物的功效認識大部分是正確的，其中許多藥物至今仍然在臨床廣泛應用，比如人參補益、黃連止痢、麻黃定喘、常山截瘧、大黃瀉下等。而且各種藥物主治疾病的種類也非常廣泛，約有170余種，包括了內、外、婦、兒、五官等科疾病。此外，《神農本草經》中對於藥物的性味、産地與採制、炮製方法，乃至用藥原則和服藥方法等都有涉及，極大地豐富了藥物學的知識體系。
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《神農本草經》全書分三卷，載藥365種，以三品分類法，分上、中、下三品，文字簡練古樸，成為中藥理論精髓。其集結成書年代自古就有不同考論，或謂成于秦漢時期，或謂成于戰國時期。原書早佚，現行本為後世從歷代本草書中集輯的。
該書最早著錄于《隋書·經籍志》，載“神農本草，四卷，雷公集注”；《舊唐書·經籍志》《唐書·藝文志》均錄：“神農本草，三卷”；宋《通志·藝文略》：錄“神農本草，八卷，陶隱居集注。”；明《國史·經籍志》錄：“神農本草經，三卷”；《清史稿·藝文志》錄：“神農本草經，三卷”。歷代有多種傳本和注本，現存最早的輯本為明盧復輯《神農本經》（1616年），流傳較廣的是清孫星衍、孫馮翼輯《神農本草經》（1799年），以及清顧觀光輯《神農本草經》（1844年）、日本森立之輯《神農本草經》（1854年）。
書中藥味365種，當中植物藥252種，動物藥67種，礦物藥46種。根據藥物的性能和使用目的的不同分為上、中、下三品。稱為“三品分類法”，以應“天地人”三才。上品一百二十種，無毒。大多屬於滋補強壯之品，如人參、甘草、地黃、大棗等，可以久服。中品一百二十種，無毒或有毒，其中有的能補虛扶弱，如百合、當歸、龍眼、鹿茸等；有的能祛邪抗病，如黃連、麻黃、白芷、黃芩等。下品一百二十五種，有毒者多，能祛邪破積，如大黃、烏頭、甘遂、巴豆等，不可久服。這是我國藥物學最早分類法，為歷代沿用。當中藥物經過長期臨床實踐和現代科學研究，證明所載藥物藥效絕大部分是正確的。
《神農本草經》的歷史地位不可低估，它將東漢以前零散的藥學知識進行了系統總結，其中包含了許多具有科學價值的內容，被歷代醫家所珍視。而且其作為藥物學著作的編撰體例也被長期沿用，作為中國第一部藥物學專著，影響是極為深遠的。《本經》首次提出了“君臣佐使”的方劑理論，一直被後世方劑學所沿用，有序例（或序錄）自成一卷，是全書的總論，歸納了13條藥學理論。
《本經》的問世，對中國藥學的發展影響很大。歷史上具有代表性的幾部《本草》，如《本草經集注》《新修本草》《證類本草》《本草綱目》等，都淵源於《本經》而發展起來的。藥物之間的相互關係也是藥學一大關鍵，《本經》提出的“七情和合”原則在幾千年的用藥實踐中發揮了巨大作用。
規定了藥物的劑型
《本經·序錄》認為：“藥性有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒漬者，宜膏煎者，亦有一物兼主者，亦有不可入湯、酒者，並隨藥性，不得違越。”此處一方面體現了在2000年前中藥劑型已有的成就，另一方面也體現了藥物劑型工藝以及對哪些藥宜用哪種劑型的研究經驗，如消石“煉之如膏”，術“作煎餌”，茺蔚子“可作浴湯”（外用洗劑），葡萄“可作酒”，白芷“可作面脂”，牛角、牛膽“可入丸藥”，蝟皮“酒煮殺之”，露蜂房“火熬之良”，當歸治“金創煮飲之”，雷丸“作膏摩，除小兒百病”，蛇蛻“火熬之良”，貝子“燒用之良”等等。此處既講了藥物炮製加工方法，同時也説明瞭不同藥物在具體應用時要採用不同的劑型，才能更有效地發揮其治療效果。對現今中醫業醫者只採用湯藥成藥的現象具有很大的批判性的價值。
對藥物治病取效的客觀評價
《神農本草經·序錄》認為”凡欲治病，先察其源，先候病機，五臟未虛，六府未竭，血脈未亂，精神未散，服藥必治。若病已成，可得半愈。病勢已過，命將難全。”此處首先告誡人們，有病必須早治；其次強調了疾病的痊癒與否，不能完全依賴藥物的作用，主要是機體的防禦機能和在藥物干預下機體驅邪愈病的內在能力。
強調辨證施藥
《神農本草經·序錄》提出“療寒以熱藥，療熱以寒藥，飲食不消，以吐下藥，鬼疰蠱毒以毒藥，癰腫瘡瘍以瘡藥，風濕以風濕藥，各隨其所宜。”此語不但突出了辨證施治用藥的主旨，還提示在辨證施治用藥的前提下，務必要辨別疾病的性質（寒、熱）用藥，辨別病因而審因論治（如“飲食不消”、“風濕”），辨別病情輕重並根據病情輕重而施以用藥（如“鬼疰蠱毒”均為重危病證），還要辨別軀體病（如“癰腫瘡瘍”、“風濕症”）與內臟病（如“鬼疰蠱毒”）的差異而用藥。前者用“瘡藥”、“風濕藥”，後者用“毒藥”。若通覽書中365味藥物的功效和主治，還可以發現，書中根據內科疾病、婦科疾病、外科疾病、五官科疾病、皮膚病等等不同病種而施以不同藥物予以治療，這些內容都充分體現了辨證施治的用藥思想。
重視服藥時間與療效的關係
《神農本草經·序錄》認為：“病在胸膈以上者，先食後服藥；病在腹以下者，先服藥而後食；病在四肢血脈者，宜空腹而在旦；病在骨髓者，宜飽滿而在夜。”這説明本書作者在認真總結前人用藥經驗的基礎上，認識到服藥時間與藥物療效之間的密切關係。
踐行“藥有陰陽”理論的價值
《內經》首先提出了“藥有陰陽”理論，《本經》對這一理論予以踐行。所謂“藥有陰陽”，其含義甚廣。若僅從植物藥與礦物藥分陰陽，礦物藥質地沉重而主降，屬性為陰，植物藥質地輕清而屬陽。若就植物藥而言，凡藥用其花、其葉、其枝者多屬陽，若用其根、其幹者多為陰。如若對藥物深層的內涵以陰陽分，則“陽為氣，陰為味……陰味出下竅，陽氣出上竅。味厚者為陰，薄為陰之陽。氣厚者為陽，薄為陽之陰。味厚則泄，薄則通。氣薄則發泄，厚則發熱。”“氣味辛甘發散為陽，酸苦涌泄為陰”，具體內容可詳見於《素問·陰陽應象大論》。
藥有酸、鹹、甘、苦、辛五味
《本經·序例》所謂“藥有酸、鹹、甘、苦、辛五味”，其本義是指人們可以品嘗到的藥物真實滋味以及其對人體氣血陰陽的作用。藥物真實滋味不止五種，由於受事物五行屬性歸類理論的影響，於是自古至今，將藥物之滋味統統納之於五味之中，並將澀味附之於酸，淡味附之於甘，以合藥物五味的五行屬性歸類。
藥物“有寒熱溫涼四氣”
《本經》所言藥物有“寒、熱、溫、涼四氣”。四氣，即四性，是藥物或食物的寒熱溫涼四種性質，與人們味覺可感知的五味相對而言，四氣屬陽， 五味屬陰，也就是《素問·陰陽應象大論》“陽為氣，陰為味”之意。事物之陰陽屬性是可分的，“陽中有陰，陰中有陽”，故藥物寒熱溫涼之性還可再分陰陽。溫性、熱性為陽，涼性、寒性屬陰。熱甚于溫，寒甚于涼，其中只是程度的差異。溫熱藥有微溫、溫、熱、大熱的不同量級；寒涼藥有涼、微寒、寒、大寒的不同量級，如果在性質上沒有寒熱溫涼明顯的性質差異，於是就用“平”標定其性質。
認為藥“有毒無毒，斟酌其宜”
《本經·序錄》中“有毒無毒，斟酌其宜”指的是在臨證用藥時，務必要熟悉哪些藥物有毒，哪些藥物無毒。有毒之藥，其毒性之大小及程度何如等等，然後再根據臨證實際情況，斟酌用藥。
認為藥有“七情和合”
《本經·序錄》認為：藥“有單行者，有相須者，有相使者，有相畏者，有相惡者，有相反者，有相殺者。凡此七情，合和視之。”這就是藥物配伍理論中“七情和合”的源頭，指藥物配伍中的特殊關係。
《本經》原本早已散佚。現行本大多是從《證類本草》、《本草綱目》等書所引用的《本經》內容而輯成的。由於重輯者的著眼點和取材不同，因而各種輯本的形式和某些內容有一定的差異。常見的輯本有：
1．盧復輯《神農本經》三卷（西元1602~1616年，明萬曆30－44年），是從《證類本草》和《本草綱目》中摘出所引的《本經》原文編輯而成。
2．孫星衍、孫馮翼同輯《神農本草經》三卷（西元1799年，清嘉慶4年），是從《證類本草》上的白字輯出。並在每條正文之後，引用了《吳普本草》《名醫別錄》《淮南子》《抱朴子》《太平禦覽》《爾雅》《説文》等古書，詳加考證，引證詳實，資料豐富，是較好的一種輯本。
3．顧觀光輯《神農本草經》四卷（西元1844年，清道光24年）此書分序錄、上品、中品、下品四部分。藥品次序是依照《本草綱目》卷二所載《神農本草經》目錄排列的。經文均採于《證類本草》。唐、宋類書所引有出於《證類本草》之外的，也一併輯入。
4．日本森立之輯《神農本草》四卷（西元1854年，日本嘉永7年，清咸豐4年）。依據《千金方》《醫心方》《唐本草》《證類本草》《本草和名》等重輯而成。別作“考異”，附之於後。
5．王闿運輯《神農本草》三卷（西元1885年，清光緒11年）。是從《證類本草》輯出。王氏對醫學和考據學都不是內行，所以此書內容是比較草率的。
6．姜國伊輯《神農本經》一冊，未分卷（西元1892年，清光緒18年），根據《本草綱目》等輯成。
7.劉民叔《神農古本草經》分上下二卷（本説與逸文）（西元1948年），為諸多版本中從古醫學派、本經序錄、朱書墨書及前人版本互相對校等方面辨析《本經》學術源流，啟後學辨章學術，考鏡源流之門。
上述七種輯本，以孫、顧的輯本流傳較廣。這些輯本經重輯者的研究考證，基本上已接近原來的面目。
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